A hagyomány szerint a japán nép két isteni lény egyesüléséből keletkezett, és a szigetvilágot is isteni erő emelte ki az óceán hullámaiból. A japán nép eredetére vonatkozóan még ma sincsenek megbízható adatok. A tudósok véleménye eltérő, és a tisztázatlan részletkérdések mindmáig a japán ókorkutatás alapvető problémái.
Kőkorszak. A régészeti eredmények alapján feltételezhető, hogy az ős-lakók Kelet- és Észak-Ázsia különböző vidékeiről (legvalószínűbb, hogy Kínán és Koreán át), valamint a Csendes-óceán déli szigeteiről érkeztek az országba. A bronz- és vaskor eredményeit is Ázsiából vették át.
Az őslakóknak tartott - egyesek szerint mongol eredetű - ajnuk pár ezres maradékcsoportja ma már csak idegenforgalmi látványosság. Az ősi mongol mitológia sok közös vonást mutat az ajnu, de még a japán mítoszokkal is. A vércsoport-tulajdonságokat vizsgáló Macu-moto professzor egyre terjedő nézete szerint Szibériában, a Bajkál-tó keleti oldalán kell keresni a japán ősök gyökereit. Az ajnuk harcias halász-vadász népe egykor még a mai Ószakán (Osaka) is túlterjedő hatalmas területet népesített be, de napjainkra már visszahúzódott Hokkaidó zártabb vidékeire.
Pleisztocén korszak. Jégkorszak. Japán története tulajdonképpen ekkor kezdődik. A tudósok egybehangzó véleménye szerint ebben az időszakban a mai japán szigetsor még egybetartozott az ázsiai kontinenssel. (A kontinensről származhatott a Paleoloxodon namadicus ős-elefánt és a mamut.) Legrégibb kimutatható kultúrája az 50000 évnél is idősebb csiszolatlan őskőkorszaki kultúra, amely - a több száz lelő-hely tanúsága szerint - különféle helyi jellegzetességekkel terjedt el a szigetvilágban. (Merészebb tudósok még azt a véleményt is megkockáztatják, hogy a japán őstörténet csaknem 250000-500000 évvel ezelőtt, az őskőkorszak derekán kezdődött.) A pleisztocén rétegekből pattintott kőeszközök, elefántagyarak és embercsont-kövületek kerül-tek elő. Ezt a vadászó, gyűjtögető életmódot folytató kőeszköz-kultúrát agyagedény előtti kultúrának nevezik.
A csiszoltkő-kultúra időszaka a kb. 10 000 évvel ezelőtt véget ért jég-korszak után fejlődött ki, amikor a tenger vízszintjének emelkedése és a kéregmozgások következtében kialakult a mai japán szigetsor.
Kr. e. 4000-400. A kerámiák mintáiról kapta a nevét az újkőkorszaki szintű dzsómon/jomon (magyarul "zsinórmintás") kultúra. Megindult a szigetek benépesülése. A japán nép az őslakó vagy legalábbis korábban megjelenő ajnuk, a déli eredetű törzsek és a később bevándorolt mongol-maláj népfajták egybeolvadásából alakult ki. (Japán őstörténetét Edward Kidder dolgozta fel Az ősi Japán c. művében - Budapest, 1987.)
A Kr. e. IX-VIII. századból a jamato népcsoport háborúskodásairól vannak adatok. Egyes japán tudósok szerint népük őse ez az egységes népcsoport.
A Kr. e. IV. és III. században a japán ősök már családcsoportokban éltek, ismerték a fémek használatát és az öntözéses gazdálkodást.
A Kr. e. III. század-Kr. u. III. század közötti időszakot a jajoi kerámiákról Jajoi kornak nevezik a történészek. Ekkor kezdődött a kínai és a koreai kapcsolat.
A Kr. e. utolsó és a Kr. u. első századokban már kezdett kialakulni az osztálytársadalom, fokozatosan felbomlott a nemzetségi-törzsi szervezet. (Ebben az időszakban említik először a kínai krónikák Ja-pánt.)
A Kr. u. III. és IV. században megjelentek a törzsszövetségen alapuló állam csírái. A III. században a legerősebb törzsszövetség, a Jamato csoport (Jamato-koku) kiterjesztette uralmát a többi, egymással örökösen háborúskodó törzsre és nemzetségre.
450-500. Kínai mintára kialakul az egységes állam, a mai Nara körzetben létesült központi hatalommal. Egyes tudósok szerint az első japán állam megalapítása a 111-IV., illetve a IV-V., mások szerint viszont a VI-VII. századra esik. A VI. század második felét jelöli meg a Jamato törzsszövetség tartós hatalomra jutásának időpontjaként a négy kitűnő japán tudós által összeállított Japán művészet c. könyv (Budapest, 1980) is. Jamadzsi Maszanori Japán - Történelem és hagyományok c. művében a III. század első felére teszi a Jamatai-koku uralmának kiterjesztését. A hagyomány viszont "pontosan" tudja, hogy a Napistennő dédunokáját, a Jamato-ház vezérét, Kanmu-Ja-mato-lvarehiko-no-Mikotót, a később Dzsinmu/Jinmu tennónak, azaz már császárnak nevezett államalapítót Kr. e. 660-ban koronázták meg. A mai japán császári család sokak meggyőződése szerint Dzsinmuig vezeti vissza őseit. Jamadzsi Maszanori idézett művében azt írja, hogy >Az egész Japánon uralkodó nagykirályok a 6. századig az ókimi - nagykirály - címet használták, a 7. századtól pedig a kínai írásokban található "égi császár" jelentésű tennó címet. Az országot is kb. a 7. századtól kezdik, ugyancsak a kínai műveltség hatására, Nipponnak vagy Nihonnak nevezni.<
A Kr. u. IV-VI. században a kialakuló japán állam hódító háborúkat vezetett a Koreai-félsziget királyságai ellen. A már korábban is meg-levő kínai kapcsolatok mellett koreai közvetítéssel sajátították el a japánok a szövés, a bőrfeldolgozás és a fémmegmunkálás, valamint a hajóépítés mesterségét, amelyek Kínában a Han-dinasztia uralkodása idején magas fejlettségi fokot értek el. Közvetlenül Kínából szerezte Japán a közigazgatási, művészeti és tudományos ismereteket. A kínai írásrendszer bevezetése révén megismerkedtek a kínai orvostudománnyal, az időszámítás, a csillagászat és a naptárrendszer titkaival.
(A kínai eredetű holdév-naptárt vidéken még ma is használják a hivatalos európai naptár mellett.)
538-ban Pekcse (vagy Pakcse, vagyis Korea) királya katonai segítséget kért és kapott a japán "császártól". Hálája jeléül aranyozott Buddha-szobrot és buddhista szent iratokat küldött.
538 után (egyesek szerint 552-ben) kínai-koreai közvetítéssel átkerült Japánba a buddhizmus és ezzel szinte egy időben a konfucianizmus. Szerzetesek, apácák, kézművesek jöttek Japánba, s pár évtized alatt (igaz, gyakran véres vallási - vagy inkább hatalompolitikai - harcok után) megszilárdult a buddhizmus. De ezzel együtt tovább élt az ősi japán hitvilág, a sintó, vagyis az istenek útja, ez a nemzeti vallás vagy inkább tipikusan japán kulturális jelenség, amint Bhikkhu Satori Bhante írja A sintoizmus (Budapest, 1990) címen A világ nagy vallásai sorozatban megjelent művében. A sintó szerint az uralkodók már a Jamato korszakban egy személyben voltak főpapok és világi vezetők.